در روز بيستم جمادى الثانى 1320 هجرى قمرى مطابق با 30 شهريـور 1281 هجرى شمسى ( 21سپتامپر 1902 ميلادى) در شهرستان خمين از توابع استان مركزى ايران در خانواده اىاهل علـم و هجرت و جهاد و در خـانـدانـى از سلاله زهـراى اطـهـر سلام الله عليها،روح الـلـه المـوسـوى الخمينـى پـاى بـر خـاكدان طبيعت نهاد . او وارث سجاياىآباء و اجدادى بـود كه نسل در نسل در كار هـدايـت مردم وكسب مـعارف الهى كـوشيـدهانـد. پـدر بزرگـوار امام خمينـى مرحوم آيه الـله سيد مصطفى مـوسـوى از معاصريـنمرحـوم آيه الـلـه العظمـى ميرزاى شيـرازى (رض)، پـس از آنكه ساليانـى چنـد درنجف اشـرف علـوم و معارف اسلامـى را فـرا گرفته و به درجه اجتهـاد نايل آمـدهبـود بـه ايـران بازگشت و در خميـن ملجاء مردم و هادى آنان در امـور دينـى بـود. در حـاليكه بيـش از 5 مـاه ولادت روح الـلـه نمى گذشت، طاغوتيان و خوانين تحتحمايت عمال حكومت وقت نداى حق طلبـى پـدر را كه در برابر زورگـوئيهايشان بـه مقاومتبـر خاسته بـود، با گلـوله پاسـخ گفـتـنـد و در مـسير خميـن به اراك وى را بـهشهادت رسانـدنـد. بستگان شهيـد بـراى اجراى حكـم الهى قصاص به .تهران (دارالحكـومه وقت) رهـسـپار شـدند و بر اجراى عـدالت اصـرار ورزيدند تا قاتل قصاصگرديد
بديـن ترتبيب امام خـميـنى از اوان كـودكى با رنج يـتيـمى آشـنا و با مفهومشهادت روبرو گرديد. وى دوران كـودكـى و نـوجـوانى را تحت سرپرستى مادر مـومـنـه اش (بانـو هاجر) كه خـود از خاندان علـم و تقـوا و از نـوادگان مـرحـوم آيـه الـلـهخـوانسـارى ( صاحب زبـده التصانيف ) بوده است. همچنيـن نزد عمه مـكـرمه اش ( صاحبـه خانم ) كه بانـويى شجاع و حقجـو بـود سپرى كرد اما در سـن 15 سالگى از نعمتوجـود آن دو عزيز نيز محـروم گـرديد.